Napriek tomu, že je Podunajská nížina intenzívne využívaná na poľnohospodársku výrobu, zachovalo sa v rámci nej množstvo prírodne hodnotných území, ktoré však v dôsledku intenzívneho využívania okolitej krajiny vyžadujú po desaťročiach pasívnej ochrany obnovu.
Spektrum typov prostredia je v rámci Podunajskej nížiny a regiónov Podunajska, Požitavia, Pohronia a Považia veľmi bohaté. Okrem veľkých riek akými sú Dunaj, Váh, Hron, Nitra formujú krajinu aj menšie rieky ako Žitava, potok Paríž či Chrenovka. Popri nich sa vyskytujú mokrade, ktoré svojim významom presahujú národný význam a ich ochrana je žiaduca v celoeurópskom rozsahu. Nájdeme tu rôzne typy mokradí od tečúcich vôd a prislúchajúcich štrkových, pieskových lavíc s kolmými stenami, močiare s trstinovými a ostricovými porastami, či mokré lúky a periodické mokrade na poliach.
Stepný, nížinatý charakter územia s poliami a v menšej miere lúkami, pasienkami poskytuje životný priestor pre mnohé stepné druhy vtákov, ktoré sa v dôsledku intenzívneho hospodárenia dostali medzi vzácne druhy fauny a flóry. Najvzácnejšími vtákmi sú sokol kobcovitý alebo krakľa belasá.
V menšom rozsahu nájdeme aj lesy, ktoré sa vyskytujú popri riek vo forme lužných lesov alebo v xerotermnej krajine vo forme teplých panónskych lesov. Malé zachovalé fragmenty lesov sú bohato obývané lesnými druhmi, často veľmi vzácnymi, napríklad bocianom čiernym, orliakom morským.
Nemalý význam má aj pestrá poľnohospodárska krajina. Na ňu sú viazané mnohé stepné druhy. Hniezdia tu vzácne vtáky, ktoré z nášho prostredia miznú. Nachádzajú tu aj miesto zberu potravy zimujúce druhy, ktoré k nám prilietajú zo severu prečkať nepriaznivé obdobie. V rámci Podunajska napríklad zimujú významné populácie severských divých husí.
V rámci pripraveného projektu Life+ budeme zlepšovať prírodné podmienky na vybraných lokalitách Podunajska s cieľom zachovania, obnovy a zlepšenia podmienok pre rastlinstvo a živočíšstvo, ale aj pre ľudí.